El día 2 de febrero del 2011, la señora Miriam Isaura López Vargas desapareció en la ciudad de Ensenada, Baja California. Tres semanas atrás, el 10 de enero del 2011, Miriam envió una carta a autoridades de la Secretaría de la Defensa Nacional para quejarse de amenazas en su contra por parte de soldados del retén Loma Dorada, ubicado junto a casa de su madre en las cercanías de Ensenada.
El mismo 2 de febrero de 2011, la pareja de Miriam Isaura López Vargas comenzó su búsqueda en delegaciones de policía, hospitales y agencias del Ministerio Público, sin que tuviera éxito en la localización de Miriam. Al día siguiente 3 de febrero, aproximadamente a las 18:00 horas, la pareja de Miriam recibió una llamada de esta preguntando por sus hijos, comunicándole que había sido detenida. Aproximadamente a las 18:20 una abogada de oficio se puso en contacto con la pareja de Miriam, a quien informó que Miriam había sido detenida por presunta posesión de droga, por lo cual la tenían detenida en la ciudad de Tijuana, estado de Baja California. En los días posteriores, la pareja de Miriam intentó sin éxito localizar el sitio en donde esta permanecía privada de su libertad.
Hasta 7 días después de su detención, Miriam Isaura López Vargas pudo contactar a su pareja, a quien comunicó que el día 2 de febrero, aproximadamente a las 10:30 horas, fue detenida mientras circulaba en la Avenida Juárez, entre las calles de Miramar y Macheros, en la ciudad de Ensenada, por dos sujetos que circulaban en un vehículo pick up color blanco. Uno de los sujetos la encañonó con un arma, ordenándole quitar el seguro de la puerta y abrirla. La bajaron y la subieron al asiento de atrás, cubriéndole el rostro y encañonándola constantemente, quitándole la cubierta de la cabeza hasta llegar al cuartel militar “Morelos” en la ciudad de Tijuana, Baja California. También le comunicó que se encontraba detenida en dicho cuartel y que la trasladarían al Distrito Federal en calidad de arraigada para investigación por la supuesta declaración que hizo en la que involucraba a 9 militares pertenecientes al 67 batallón de infantería emplazado en San Quintín. Ahora se sabe que esta declaración fue hecha bajo tortura y amenazas, sin contar con un abogado defensor.
Durante su ilegal y arbitraria detención en el cuartel militar Morelos, en la ciudad de Tijuana, Baja California, fue golpeada por militares, quienes también la sometieron a graves torturas físicas y psicológicas que consistieron en atarla de las manos por la parte de atrás; acostarla y ponerle un trapo mojado en la boca para posteriormente aplicarle agua en la nariz; colocarle una bolsa de plástico en la cabeza, asfixiándola; y darle toques eléctricos en las costillas y las piernas. Asimismo, le hicieron una lesión en la muñeca al momento de amenazarla con cortarle la mano.
Durante su estancia en el cuartel militar, Miriam también fue sometida a tortura sexual, ya que fue atacada sexualmente por militares, por largos lapsos de tiempo y durante dos de los días que permaneció en el cuartel. Otra forma de tortura que sufrió Miriam por parte de los militares fue que éstos le mostraron fotos de sus hijas e hijo y de su pareja, unas de ellas tomadas tres días antes de la detención de Miriam, así como fotos de su casa, con las cuales la amenazaron diciéndole que si no declaraba lo que ellos querían, dañarían a su familia.
Durante su estancia en el cuartel militar, una agente del Ministerio Público Federal acudió para tomar la declaración de Miriam con un trato hostil y prepotente, permitiendo que ella permaneciera en ese lugar hasta el día de su traslado al Centro Nacional de Arraigo. Asimismo en esa ocasión, la defensora de oficio asignada a Miriam no la asistió legalmente durante este procedimiento.
A partir del día 9 de febrero de 2011, la señora Miriam Isaura López Vargas, permaneció detenida en el Centro Nacional de Arraigo, cuyo primer término venció el día 17 de marzo y fue prorrogado por 40 días, hasta el 26 de abril de 2011. El 26 de abril, fecha en que venció el arraigo de Miriam Isaura, fue trasladada al Centro de Readaptación Social (CERESO) en Ensenada Baja California, donde permaneció hasta que fue puesta en libertad el 1 de septiembre de 2011, tras dictarse sentencia absolutoria en el proceso seguido en su contra.
Por la detención arbitraria y tortura en contra de Miriam Isaura López Vargas, la CMDPDH presentó queja ante la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH). El 28 de septiembre de 2012, la CNDH emitió la Recomendación 52/2012 por la detención arbitraria, retención ilegal, tortura y violación sexual de Miriam Isaura López Vargas.
Tras ser probada la inocencia y puesta en libertad en septiembre de 2011, Miriam López Vargas denunció a sus agresores por los delitos de tortura, privación ilegal de libertad, violación y lo que resulte, el 14 de diciembre del 2011, abriéndose la indagatoria AP/PGR/FEVIMTRA-C/139/2011, ante la Fiscalía Especial para los Delitos de Violencia contra las Mujeres y Trata de Personas (FEVIMTRA), denuncia en la que se solicitaron medidas de seguridad para Miriam Isaura López Vargas debido a actos de hostigamiento de los que ha sido objeto desde que fue puesta en libertad.
A la fecha, los perpetradores de las violaciones a derechos humanos en contra de Miriam no han sido aprehendidos ni han sido llamados a declarar en la averiguación previa mencionada.