La reforma del sistema de justicia penal y seguridad pública inició formalmente con la publicación del Decreto de 18 de junio de 2008 por el que se modificaron los artículos 16, 17, 18, 19, 20, 21 y 22; las fracciones XXI y XXIII del artículo 73; la fracción VII del artículo 115 y la fracción XIII del apartado B del artículo 1231. Los méritos de estas reformas incluyen, entre otras, la incorporación de un sistema acusatorio de justicia penal, del que se espera una justicia más expedita e imparcial, en el que las partes gocen de equidad procesal, en el que sea efectiva la presunción de inocencia de los acusados, y el Ministerio Público construya la causa de la acusación. Con todo, persiste una fuerte inquietud con respecto a la reforma, en particular con la inclusión de un concepto vago de delincuencia organizada y de figuras como el arraigo, la prisión preventiva automática, el cateo express y la intervención de comunicaciones, todo lo cual abre la puerta a abusos por parte de las autoridades, particularmente la práctica de la tortura y la detención arbitraria.
Las siguientes consideraciones tratan de explicar por qué el arraigo resulta per se contrario a los principios en los que se funda un Estado democrático de Derecho y violatorio del principio de legalidad (artículo 9 de la Convención Americana sobre Derechos Humanos, en lo sucesivo “CADH”), los derechos de libertad personal y de tránsito (art. 7 CADH); del derecho a la presunción de inocencia (art. 8 CADH); de los derechos relacionados al debido proceso (art. 8 CADH); del derecho al honor y la reputación (art. 11.1 y 11.2 CADH), a un recurso legal efectivo (art. 25 CADH); y a la integridad física y mental de las personas (art. 5 CADH).